两市投资者根据自己持有的沪、深市股票的市值，在上海和深圳账户上向沪深证券交易所申购新股。同一只新股在两个交易所都有不同的申购代码。上证所的配售代码是"737***"，深交所的配售代码是"003***"，后三位代码相同。实施细则明确了持有深圳账户的投资者如何参与配售，以及获得配售新股后如何上市交易、获得分红和配股等。为了与沪市保持一致，深市投资者原本需要在中签后缴款认购部分进行二次申报，现在改为在中签后放弃认购部分进行申报，委托价格为0。如果不进行申报，将视为全部缴款认购。持有深市账户的投资者只能委托深圳证券交易所卖出获得配售的新股。对于配售发行过程中涉及到的跨市场转托管，不予办理。